هيمنة وطنية
سنة 1990 أنهى الترجي والنادي الإفريقي البطولة بالتساوي في النقاط، وتُوّج الإفريقي بفارق المواجهات المباشرة. ثم أمسك الترجي بزمام الأمور لزمن طويل: بطلًا في 1991 و1993 و1994 و1998 و1999، ومتوّجًا بالكأس في 1991 و1997 و1999، بثنائيتين (1991 و1999)، وبأوّل كأس سوبر تونسية سنة 1993. وفي السنة نفسها أحرز البطولة العربية للأندية: اختير المعلول أفضل لاعب، وأنهى طارق ثابت البطولة هدّافًا.
آخر مباراة لذياب
في سبتمبر 1990، في القاهرة، أقصى الترجي الأهلي في ثمن نهائي كأس الأندية البطلة بركلات الترجيح بعد تعادل 0-0. كانت تلك آخر مباراة لطارق ذياب. لعب 429 مباراة وسجّل 128 هدفًا بقميص الترجي، وسيُنتخب سنة 2000 أفضل لاعب تونسي في القرن العشرين.
1994، النجمة الإفريقية الأولى
بعد إقصاء سنة 1992، بلغ الترجي سنة 1994 نهائي كأس إفريقيا للأندية البطلة ضدّ الزمالك. 0-0 في القاهرة؛ وفي الإياب، يوم 17 ديسمبر 1994 بتونس، فاز 3-1. سجّل الهادي بالرخيصة هدفين والقائد علي بن ناجي هدفًا. إنّه أوّل تتويج إفريقي للترجي. وفي الأثناء أحرز الكأس الإفريقية الممتازة ضدّ موتيما بيمبي الزائيري، والكأس الإفريقية الآسيوية ضدّ تاي فارمرز بنك.
إنّها الحقبة البطولية لـشكري الواعر وثابت والنويرة والمحجوبي وبن ناجي والمنذر البواب وسراج الدين الشيحي ومروان القزمير وعيادي الحمروني وماليتولي وحسن القابسي وبالرخيصة والمعلول.
الهادي بالرخيصة
بطل نهائي 1994، وصاحب أوّل لقب له سنة 1991، سقط الهادي بالرخيصة يوم 4 جانفي 1997 خلال مباراة ضدّ أولمبيك ليون، وتوفّي على أرض الملعب. وكرّمه زملاؤه، وفي كأس الكاف حمل زياد التلمساني قميصه بحضور رئيس الكاف عيسى حياتو.
الكاف وكأس الكؤوس ونهائيّان
جاءت كأس الكاف سنة 1997، ثم كأس إفريقيا للأندية الفائزة بالكأس سنة 1998 ضدّ بريميرو دي أغوستو. لكنّ الترجي خسر نهائي رابطة الأبطال 1999 بركلات الترجيح أمام الرجاء البيضاوي (0-0 و0-0)، ثم نهائي 2000 أمام هارتس أوف أوك الغاني. وفي البطولة، بعد ثلاثة تتويجات متتالية في 1998 و1999 و2000، احتفظ النادي نهائيًّا بكأس الأسد.
الكرة الطائرة في القمة، وحلّ كرة السلة والسباحة
عاد فرع الكرة الطائرة إلى القمة: أربع بطولات في العشرية، وعدّة كؤوس، وخاصة كأسا إفريقيا للأندية البطلة في 1994 و1998. وبقيت كرة اليد بين أفضل فرق القارة. لكنّ فرعين اختفيا: كرة السلة، التي حُلّت سنة 1994 بتسعة ألقاب ظلّت رقمًا قياسيًّا مدّة طويلة؛ والسباحة، التي حُلّت سنة 1996 قبل أن تُبعث من جديد بعد عشر سنوات.