Une hégémonie nationale
En 1990, l'Espérance et le Club Africain finissent à égalité de points ; le CA est sacré à la différence des confrontations directes. Puis l'Espérance prend le pouvoir pour longtemps : championne en 1991, 1993, 1994, 1998 et 1999, vainqueur de la Coupe en 1991, 1997 et 1999, avec deux doublés (1991 et 1999), et de la première Supercoupe de Tunisie en 1993. La même année, elle remporte le Championnat arabe des clubs : Maaloul est élu meilleur joueur, Tarek Thabet termine meilleur buteur.
Le dernier match de Dhiab
En septembre 1990, au Caire, l'Espérance élimine Al Ahly en huitième de finale de la Coupe des clubs champions, aux tirs au but après un 0-0. C'est le dernier match de Tarak Dhiab. Il a joué 429 matchs et marqué 128 buts sous le maillot de l'Espérance ; en 2000, il sera élu meilleur footballeur tunisien du XXe siècle.
1994, la première étoile africaine
Après une élimination en 1992, l'Espérance atteint en 1994 la finale de la Coupe d'Afrique des clubs champions contre le Zamalek. 0-0 au Caire ; au retour, le 17 décembre 1994 à Tunis, elle s'impose 3-1. Hédi Berrekhissa marque deux fois, le capitaine Ali Ben Neji une fois. L'Espérance est championne d'Afrique pour la première fois. Dans la foulée, elle remporte la Supercoupe d'Afrique contre le Motema Pembe du Zaïre et la Coupe afro-asiatique contre le Thai Farmers Bank.
C'est l'époque héroïque de Chokri El Ouaer, Thabet, Nouira, Mahjoubi, Ben Neji, Mondher Baouab, Sirajeddine Chihi, Marouane Guezmir, Ayadi Hamrouni, Malitoli, Hassen Gabsi, Berrekhissa, Maaloul.
Hédi Berrekhissa
Héros de la finale de 1994, auteur de son premier titre en 1991, Hédi Berrekhissa s'écroule le 4 janvier 1997, lors d'un match contre l'Olympique lyonnais, et meurt sur le terrain. Ses coéquipiers lui rendent hommage ; en Coupe de la CAF, Zied Tlemçani porte son maillot en présence du président de la CAF, Issa Hayatou.
La CAF, la Coupe des coupes, deux finales
L'année 1997 apporte la Coupe de la CAF ; 1998, la Coupe d'Afrique des vainqueurs de coupe, gagnée contre le Primeiro de Agosto. Mais en Ligue des champions, l'Espérance perd la finale de 1999 aux tirs au but contre le Raja de Casablanca (0-0, 0-0), puis celle de 2000 contre les Ghanéens de Hearts of Oak. En championnat, champion trois fois de suite en 1998, 1999 et 2000, le club garde définitivement le trophée du lion.
Le volley au sommet, le basket et la natation dissous
La section volley-ball retrouve les sommets : quatre championnats dans la décennie, plusieurs Coupes, et surtout deux Coupes d'Afrique des clubs champions, en 1994 et 1998. Le handball reste parmi les meilleurs du continent. Mais deux sections disparaissent : le basket-ball, dissous en 1994 avec neuf titres, longtemps un record ; la natation, dissoute en 1996, avant de renaître dix ans plus tard.