سبع بطولات متتالية
من 1998 إلى 2004 أحرز الترجي سبع بطولات متتالية، وهي سلسلة لا مثيل لها في تونس. وسنة 2001 أنهى البطولة بفارق تسع عشرة نقطة. وسنة 2002، بعد ثلاثة ألقاب متتالية، عاد إليه نهائيًّا كأس النسر المجنّح، كما عاد إليه كأس الأسد من قبل. ومن أسماء هذه الحقبة: شكري الواعر ثم خالد بدرة في حراسة المرمى، وراضي الجعايدي ووليد العزايز وبشير السحباني وفيصل بن احمد وطارق ثابت وعلي الزيتوني والبرازيلي جوزي كلايتون والإيفواري كانديا تراوري والحارس جان جاك تيزيي.
اللعنة الإفريقية
في إفريقيا بدأت السلسلة السوداء. بعد نهائي 2000 الخاسر أمام هارتس أوف أوك، سقط الترجي في ربع النهائي أمام أسيك أبيدجان (2002)، وفي نصف النهائي أمام الإسماعيلي (2003) وإنييمبا (2004)، ثم في دور المجموعات (2005 و2007). وعاش مع ذلك سهرات جميلة، مثل الفوز 5-0 على جان دارك سنة 2004.
خمسة نهائيات للكأس
في كأس تونس خاض الترجي خمسة نهائيات متتالية من 2004 إلى 2008. خسر الأوّلين، أمام النادي الصفاقسي بركلات الترجيح ثم أمام ترجي جرجيس، «ترجي الجنوب» (2-0). وفاز بالثلاثة الموالية: ضدّ النادي الإفريقي سنة 2006 (2-2 و5-4 بركلات الترجيح) فحقّق الثنائية، وضدّ النادي البنزرتي سنة 2007، وضدّ النجم الساحلي سنة 2008.
من شيبوب إلى المؤدب
سنة 2004، بعد خمس عشرة سنة من الرئاسة، ترك سليم شيبوب مكانه لـعزيز زهير، الصناعي والرياضي الكبير وابن المنصف زهير. وفي صائفة 2007 خلفه ابن آخر من أبناء النادي، صناعي ولاعب سابق: حمدي المؤدب. وتُوّج الترجي بطلًا سنة 2009، وأحرز في السنة نفسها بطولته العربية الثانية بفضل حمدي القصراوي والنيجيري مايكل إنيرامو.
وفي المدارج وُلدت ثقافة جديدة: أولى الدخلات سنة 2002، ومجموعة سوبراس سود سنة 2004.
الفروع الأخرى
في كرة اليد تُوّج الترجي بطلًا في 2004 و2005 و2009، وأحرز الكأس في 2002 و2005 و2006، وحقّق الثنائية سنة 2005 بإشراف ليونيد زاخاروف ثم سيد العياري ومع وسام حمام. وفي الكرة الطائرة تُوّج بطلًا في 2007 و2008 وأحرز الكأس في 2000 و2007. وبُعثت السباحة من جديد سنة 2006، مع سندة الغربي في الإدارة الفنية وأحمد المثلوثي، الأولمبي لاحقًا. وفي الجودو صار أنيس اللونيفي بطل العالم في وزن أقلّ من 60 كغ سنة 2001.