Taraji Sept championnats d'affilée
De 1998 à 2004, l'Espérance remporte sept championnats consécutifs, une série sans équivalent en Tunisie. En 2001, elle termine avec dix-neuf points d'avance. En 2002, après trois titres de suite, le trophée de l'aigle aux ailes déployées lui revient définitivement, comme le lion avant lui. Les noms de cette époque : Chokri El Ouaer puis Khaled Badra dans les buts, Radhi Jaïdi, Walid Azaiez, Béchir Sahbani, Faycel Ben Ahmed, Tarek Thabet, Ali Zitouni, le Brésilien José Clayton, l'Ivoirien Kandia Traoré, le gardien Jean-Jacques Tizié.
Le signe indien
En Afrique, la série noire commence. Après la finale perdue de 2000 contre Hearts of Oak, l'Espérance tombe en quart de finale contre l'ASEC Abidjan (2002), en demi-finale contre Ismaily (2003) et contre Enyimba (2004), puis en phase de groupes (2005 et 2007). Elle signe pourtant de belles soirées, comme le 5-0 contre l'ASC Jeanne d'Arc en 2004.
Cinq finales de Coupe
En Coupe de Tunisie, l'Espérance joue cinq finales consécutives de 2004 à 2008. Elle perd les deux premières, contre le CS Sfaxien aux tirs au but puis contre l'Espérance de Zarzis, le « Taraji du Sud » (2-0). Elle gagne les trois suivantes : contre le Club Africain en 2006 (2-2, 5-4 aux tirs au but), ce qui lui offre le doublé, contre le CA Bizertin en 2007 et contre l'Étoile du Sahel en 2008.
De Chiboub à Meddeb
En 2004, après quinze ans de présidence, Slim Chiboub cède la place à Aziz Zouhir, industriel et grand sportif, fils de Moncef Zouhir. Durant l'intersaison 2007, un autre enfant du club, industriel et ancien joueur, lui succède : Hamdi Meddeb. L'Espérance est championne en 2009 et remporte la même année son deuxième Championnat arabe, porté par Hamdi Kasraoui et le Nigérian Michael Eneramo.
Dans les tribunes, une nouvelle culture naît : les premiers tifos en 2002, le groupe Supras Sud en 2004.
Les autres sections
En handball, l'Espérance est championne en 2004, 2005 et 2009, gagne la Coupe en 2002, 2005 et 2006 et réalise le doublé en 2005, entraînée par Leonid Zakharov puis Sayed Ayari, avec Wissem Hmam. En volley-ball, elle est championne en 2007 et 2008 et gagne la Coupe en 2000 et 2007. La natation renaît en 2006, avec Senda Gharbi à la direction technique et Ahmed Mathlouthi, futur double olympien. En judo, Anis Lounifi est champion du monde des moins de 60 kg en 2001.