La première Coupe de la Tunisie indépendante
Le 31 mars 1957, l'Espérance bat l'Étoile du Sahel 2-1 en finale de la Coupe de Tunisie, sur des buts d'Abderrahmane Ben Ezzeddine et de Hédi Feddou. C'est la première Coupe remise après l'indépendance, au stade du Belvédère. Le club termine aussi deuxième des championnats 1957 et 1958.
1959 : champion, et Tlemçani
En 1958-1959, l'Espérance remporte le championnat de la Tunisie indépendante. Son attaque est « diabolique » : Abdelmajid Tlemçani marque 32 buts en 26 matchs, un record de meilleur buteur que personne n'a égalé depuis. L'équipe type : Mohamed Bennour ; Youssef Shili, Driss Ben Messaoud, Naceur Naouar ; Bouaziz, Hassen Tasco, Ali Hannachi « Hadj Ali » ; Abdelmajid Néji, Ben Ezzeddine, Tlemçani, Mongi Hrika, Salah Nahali. La légende de la photo des champions, dans le livre du centenaire, place Laroussi Tsouri sur le banc ; l'encyclopédie crédite Hachemi Cherif de ce titre.
La même saison, la finale de la Coupe contre l'Étoile reste dans les annales. Le 1er mai, l'Espérance mène 2-0 à la mi-temps (Tlemçani, Néji) et se fait rejoindre à la dernière minute (2-2). Le 31 mai, au match rejoué, elle est menée 2-0, revient à 2-2 (Nahali, Tlemçani) et perd en prolongation sur un but de Mezzaz à la 99e minute. En 1960, elle conserve son titre de champion, avec six points d'avance.
L'équipe du FLN
Le 13 avril 1958, neuf footballeurs algériens quittent clandestinement la France pour Tunis et y fondent l'équipe du Front de libération nationale. Chedly Zouiten préside alors à la fois l'Espérance et la Fédération tunisienne de football. Malgré les pressions de la FIFA et de la France, il leur ouvre les terrains et rend possibles leurs matchs. L'ancien entraîneur de l'Espérance, Cheikh Habib Draoua, compte parmi les initiateurs de cette équipe ; l'ancien joueur Abdelaziz Ben Tifour quitte l'AS Monaco pour en devenir le capitaine.
31 juillet 1963
Le 31 juillet 1963, Chedly Zouiten meurt dans un accident de la route près de Bir Bouregba, en rentrant de Monastir. C'est un séisme pour les Espérantistes. Il a présidé le club plus de trente-trois ans, sans jamais transiger : il sanctionnait ses meilleurs joueurs quand ils manquaient à leur devoir, car pour lui la victoire se jouait ailleurs que sur le terrain. Hué un jour par deux mille des siens, il les avait fait taire d'un seul regard. Le stade du Belvédère porte son nom depuis 1963.
Son vice-président, Mohamed Ben Smaïl, lui succède à trente-sept ans : directeur du Tourisme, journaliste, fondateur des éditions Cérès. Avec le premier bureau de l'après-Zouiten, il remporte la Coupe de Tunisie 1964, avec Abderrahmane Ben Ezzeddine comme entraîneur. Le 24 mai 1964, l'Espérance, vainqueur de la Coupe, et le Club Africain, champion, fêtent ensemble leurs titres. En 1968, Ali Zouaoui, homme politique, prend la présidence.
Les années 1960 sur le terrain
En football, la décennie est plus contrastée : finale de Coupe perdue contre le Club Africain en 1969, mais une génération qui monte, avec Abdeljabbar Mechouch, Chedly Laaouini, Khaled Gharbi, Mokhtar Gabsi et le jeune Abdelmajid Ben Mrad. Chez les cadets de 1967-1968 joue un certain Hamdi Meddeb, futur président.
Le handball, le volley, la natation
Les autres sections connaissent leur âge d'or. En 1957, Chedly Zouiten réunit Hassine Belkhodja, Chedly Ben Slimane et Moncef Haddad pour créer une section de handball ; la première équipe joue en 1958, monte dès sa première saison et devient championne de Tunisie en 1967 et 1968-1969, avec le jeune Mounir Jelili. En volley-ball, relancé en 1955-1956, l'Espérance enchaîne six championnats consécutifs, dont quatre doublés (de 1964 à 1967). Les basketteuses sont championnes de Tunisie en 1960, 1961 et 1962. La natation passe de quelques nageurs à 32 licenciés en 1964, avec les jumeaux Anas et Anis Bahri, sous la présidence de Si Abdelhamid Ladjimi ; une petite fille de dix ans, Meriem Mizouni, arrive au club en 1968.